「한국보건사회연구원」은 1970년 설립된 국립가족계획연구소를 계승하여 1971년 「가족계획연구원」으로 확대 출범한 이후, 1976년에 설립된 「한국보건개발연구원」과의 통합을 통해 1981년 「한국인구보건 연구원」으로 발족하였다. 이후 1986년 보건사회부 소속 「사회보장심의위원회」의 연구기능을 흡수하여 1989년 「한국보건사회연구원」으로 명칭을 변경하였으며, 1999년에 이르러서는 보건복지부 소속의 연구기관에서 국무조정실로 소관 부처가 이동되어 오늘에 이르고 있다.
