짧은 기간 동안 전국민의료보험을 달성하고 적은 부담으로 높은 건강지표를 보이는 등 그 동안의 성과에도 불구하고 현재 우리나라 의료보장체계에는 아직 많은 과제들이 놓여있다. 첫째, OECD 선진국에 비해 보장성 수준이 현저히 낮아 보장성을 지속적으로 확대할 필요가 있다. 둘째, 재원의 대부분을 차지하고 있는 보험료(전체 재정의 약 83.3%) 부과 방식에 대한 논란이 지속되고 있다. 직장과 지역간 이원화된 부과체계 때문에 형평성 침해에 대한 이의제기가 지속되고 있다. 셋째, 의료에 대한 욕구는 나날히 증대되고 있으나 국민에게 제공된 정보가 충분하지 못하여 국민의 알 권리를 담보하고 있지 못하다. 넷째, 외형적인 모습은 선진국 수준에 근접하고 있으나 의료의 질 관점에서 재검토가 필요할 것으로 보인다. 다섯째, 소득 증가, 급속한 고령화, 보장성 확대 등 때문에 건강보험 재정규모가 급증하고 있다. 제도의 지속가능성 측면에서 누수 되는 부분이 없는지, 효율성을 높일 수 있는 방안은 없는지 등 다각적인 검토가 필요하다. 의료공급체계(인력, 자원, 기기 등), 전달체계, 그리고 진료비 보상방식 등이 통합적으로 재검토되어야 한다. 여섯째, 건강보험제도를 구성하는 국민(소비자), 의료제공자(공급자), 정부(보험자)간 신뢰 회복이 시급하다.
