1998년 10월을 기점으로 지역의료보험조합과 공‧교의료보험관리공단이 통합되어 국민의료보험관리공단으로 바뀌었고, 2000년 7월부터 직장의료보험조합도 국민의료보험관리공단으로 통합되어 단일 보험자인 국민건강보험공단이 탄생하였음. － 기존에 의료보험연합회에서 담당하던 진료비 심사기능은 국민건강보험공단과는 별도의 조직인 건강보험심사평가원이 신설되어 이관 건강보험의 관리운영을 담당하는 국민건강보험공단이 탄생되어 1년이 조금 지난 현 시점에서 공단의 역할에 대한 평가는 긍정적인 것만은 아님. － 공단은 통합조직의 효율성과 생산성을 제고하기 위해 경영혁신을 추진하고 있으나, 통합으로 인한 장점은 가시화되지 않는 상태에서 건강보험의 재정위기가 발생하여 공단의 건강보험 관리업무의 효율성에 대한 비난이 제기되고 있는 상황 － 또한 심사기능의 독립으로 인해 현행 관리운영체계가 건강보험공단은 진료비 지급창구의 역할을 그리고 심사평가원은 진료비심사기능을 수행하는 이원화된 구조를 가지고 있음.
