보건복지분야에는 건강보험 표본코호트DB, 유전인체자원, 사회보장정보시스템에 집적되는 사회보장정보, 사회서비스 전자바우처사업 트랜잭션DB 등 보건복지정책과 관련된 상당한 가치의 공공 빅데이터들이 있다. 공공 데이터의 공개 · 공유를 추구하는 정부3.0 추진에도 불구하고 보건복지부문의 공공 빅데이터는 개인정보나 민감정보가 포함되어 있어 제한적으로 공개되거나 아예 미공개된 데이터가 다수를 차지한다. 공공 빅데이터의 공개 환경이 이렇다보니 공공 빅데이터를 활용한 서비스 모델의 개발은 주로 데이터를 보유하고 있는 기관에 치우친 경향이 뚜렷하게 나타나고 있다. 보건복지부문 공공 빅데이터의 활성화를 위해서는 개인정보 보호기술의 고도화, 데이터 표준화, 빅데이터의 공개종류 및 범위 확대, 보건복지부문에 특화된 빅데이터 운영센터의 설치 등이 요구된다
